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Etude des contraintes sur l'usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d'Arabidopsis thaliana

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Les modèles conditionnés par la traduction permettent d'étudier les contraintes, autres que la séquence protéique codée, qui influencent l'usage du code génétique. Un modèle particulièrement intéressant parmi ceux testés est le modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: on définit alors deux matrices de transition, selon qu'on s'intéresse aux triplets qui constituent des codons ou ceux en position inter-codons. Entre autres résultats, nous avons montré l'influence des deux bases à droite d'un codon sur le choix de la troisième base de ce codon, cette influence semblant liée à des contraintes de structure locale de l'ADN ou de l'ARNm. La contre-selection des dinucléotides CG et TA en positions inter-codons a aussi été mise en évidence. Une autre conclusion est la ressemblance de composition des séquences codantes en phases non-codantes avec les introns, et leur relative différence avec les séquences intergéniques.

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Mathé, Catherine, Annie Bouvier, and François Rodolphe. “Etude Des Contraintes Sur L’usage Du Code Génétique Par Un Modèle De Markov Conditionné Par La Traduction Et Phasé: Cas Des Séquences Codantes d'Arabidopsis Thaliana.” JOBIM 2001 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématique. Ed. Laurent Duret, Christine Gaspin, & Thomas Schiex. Toulouse, France: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), 2001. 135–137. Print.
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Mathé, C., Bouvier, A., & Rodolphe, F. (2001). Etude des contraintes sur l’usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d'Arabidopsis thaliana. In L. Duret, C. Gaspin, & T. Schiex (Eds.), JOBIM 2001 : journées ouvertes biologie, informatique, mathématique (pp. 135–137). Presented at the Journées ouvertes : biologie, informatique, mathématique no 2 (JOBIM 2001), Toulouse, France: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA).
Chicago author-date
Mathé, Catherine, Annie Bouvier, and François Rodolphe. 2001. “Etude Des Contraintes Sur L’usage Du Code Génétique Par Un Modèle De Markov Conditionné Par La Traduction Et Phasé: Cas Des Séquences Codantes d'Arabidopsis Thaliana.” In JOBIM 2001 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématique, ed. Laurent Duret, Christine Gaspin, and Thomas Schiex, 135–137. Toulouse, France: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA).
Chicago author-date (all authors)
Mathé, Catherine, Annie Bouvier, and François Rodolphe. 2001. “Etude Des Contraintes Sur L’usage Du Code Génétique Par Un Modèle De Markov Conditionné Par La Traduction Et Phasé: Cas Des Séquences Codantes d'Arabidopsis Thaliana.” In JOBIM 2001 : Journées Ouvertes Biologie, Informatique, Mathématique, ed. Laurent Duret, Christine Gaspin, and Thomas Schiex, 135–137. Toulouse, France: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA).
Vancouver
1.
Mathé C, Bouvier A, Rodolphe F. Etude des contraintes sur l’usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d'Arabidopsis thaliana. In: Duret L, Gaspin C, Schiex T, editors. JOBIM 2001 : journées ouvertes biologie, informatique, mathématique. Toulouse, France: Institut National de la Recherche Agronomique (INRA); 2001. p. 135–7.
IEEE
[1]
C. Mathé, A. Bouvier, and F. Rodolphe, “Etude des contraintes sur l’usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d’Arabidopsis thaliana,” in JOBIM 2001 : journées ouvertes biologie, informatique, mathématique, Toulouse, France, 2001, pp. 135–137.
@inproceedings{4289395,
  abstract     = {Les modèles conditionnés par la traduction permettent d'étudier les contraintes, autres que la séquence protéique codée, qui influencent l'usage du code génétique. Un modèle particulièrement intéressant parmi ceux testés est le modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: on définit alors deux matrices de transition, selon qu'on s'intéresse aux triplets qui constituent des codons ou ceux en position inter-codons. Entre autres résultats, nous avons montré l'influence des deux bases à droite d'un codon sur le choix de la troisième base de ce codon, cette influence semblant liée à des contraintes de structure locale de l'ADN ou de l'ARNm. La contre-selection des dinucléotides CG et TA en positions inter-codons a aussi été mise en évidence. Une autre conclusion est la ressemblance de composition des séquences codantes en phases non-codantes avec les introns, et leur relative différence avec les séquences intergéniques.},
  author       = {Mathé, Catherine and Bouvier, Annie and Rodolphe, François},
  booktitle    = {JOBIM 2001 : journées ouvertes biologie, informatique, mathématique},
  editor       = {Duret, Laurent and Gaspin, Christine and Schiex, Thomas},
  language     = {fre},
  location     = {Toulouse, France},
  pages        = {135--137},
  publisher    = {Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)},
  title        = {Etude des contraintes sur l'usage du code génétique par un modèle de Markov conditionné par la traduction et phasé: cas des séquences codantes d'Arabidopsis thaliana},
  year         = {2001},
}